Compete aos comitês a tarefa normativa - legislativa, enquanto que as agências de águas exercem a função executiva que consiste em executar a cobrança pelo uso dos recursos hídricos e fornecer apoio técnico, financeiro e administrativo. De acordo com a Lei 9.433/97, artigo 44, suas principais atribuições são:
· Manter o balanço atualizado da disponibilidade hídrica e do cadastro de usuários;
· Efetuar a cobrança pelo uso dos recursos hídricos, analisar e emitir pareceres sobre os projetos e obras a serem financiados com recursos gerados pela cobrança pelo uso de Recursos Hídricos e encaminhá-los à instituição financeira responsável pela administração destes recursos;
· Acompanhar a administração financeira dos recursos arrecadados, elaborar o plano de recursos hídricos e a proposta orçamentária submetendo-os a apreciação do comitê, propor o enquadramento dos corpos de água nas classes de uso.