O termo jurisdição significa área de atuação e segundo a Lei 9.433/97, em seu artigo 37, e artigo 1º, §1º, da Resolução CNRH 05/00, pode ser:
I) a totalidade de uma bacia hidrográfica; II) uma sub-bacia hidrográfica formada por um afluente do rio principal ou por um afluente de um afluente do rio principal ou ainda, por um grupo de bacias ou sub-bacias hidrográficas contíguas.
Os comitês de bacia não têm personalidade jurídica. ou seja, os comitês não podem adquirir direitos e contrair obrigações. Assim sendo, as legislações hídricas criaram a figura das Agências de Água ou também denominadas de Agências de Bacia.