O artigo 39, da Lei 9.433/97, é responsável por disciplinar a composição dos comitês. Assim prescreve:
Art. 39- Os comitês de bacia hidrográfica são compostos por representantes:
I- da União;
II- dos Estados e do Distrito Federal cujos territórios se situem, ainda que parcialmente, em suas respectivas áreas de atuação;
III- dos Municípios situados, no todo ou em parte, em sua área de atuação;
IV- dos usuários das águas de sua área de atuação;
V- das entidades Civis com atuação comprovada na bacia.