Os bens apreendidos deverão ficar sob a guarda do órgão ou entidade responsável pela fiscalização, podendo, excepcionalmente, ser confiados a fiel depositário, até o julgamento do processo administrativo, tal qual ocorre em certos casos de manutenção em cativeiro de animal silvestre, como papagaios, tatus, etc.
Se ocorrer algum vício insanável na apreensão, haverá por conseguinte, a anulação, cancelamento ou revogação da apreensão, o que enseja a responsabilidade ao órgão ou a entidade ambiental a restituição do bem no estado em que se encontra ou, na impossibilidade de fazê-lo, indenizará o proprietário pelo valor de avaliação consignado no termo de apreensão.