O controle de animais domésticos é feito pelas Secretarias e Delegacias vinculados ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento e das Gerências de Zoonoses, por sua vez, vinculadas ao Ministério da Saúde ou às Secretarias Estaduais de Saúde. Casos de animais domésticos que estejam causando problemas à saúde pública ou à agricultura devem ser comunicados a esses órgãos.
O IBAMA poderá controlar animais domésticos em casos em que seja verificada possibilidade de causarem danos à fauna silvestre e aos ecossistemas, quando em vida livre.