Um terço dos membros, portanto três, são escolhidos pelo Presidente da República (art. 84, XV, CFB), após aprovação pelo Senado Federal (art. 52 CFB), a partir de lista tríplice elaborada pelo Tribunal, sendo dois alternadamente entre auditores e membros do Ministério Público junto ao Tribunal. Os restantes dois terços são escolhidos pelo Congresso Nacional.
Art. 84. Compete privativamente ao Presidente da República:
XV - nomear, observado o disposto no art. 73, os Ministros do Tribunal de Contas da União;
Os Ministros do Tribunal de Contas da União são equiparados aos Ministros do Supremo Tribunal Federal, relativamente às garantias, vedações, vencimentos, etc.