O FGTS incide sobre o 13º salário como um todo, ou seja, sobre a primeira e a segunda parcela.
Já o imposto de renda é descontado apenas no momento do pagamento da segunda parcela, sendo a tributação feita com base na soma das duas parcelas, exclusivamente na fonte e separadamente dos demais rendimentos.
Em se tratando de contribuição previdenciária, esta também incide sobre a gratificação natalina, observando-se, é claro, o valor do salário de contribuição.