Em outras palavras, o art. 78, III também exerce uma limitação sobre o art. 80 do Código de Processo Penal. O magistrado poderá, de acordo com sua conveniência, exposta a partir de decisão motivada, separar os processos conexos. Contudo, tal faculdade somente poderá ser exercida se, e somente se, todos os feitos estiverem submetidos a um mesmo juízo. Essa orientação já foi esposada pelo Pretório Excelso diversas vezes, tendo sido seguida pelo Superior Tribunal de Justiça:
"Excluída a competência originária do STJ para proceder à perquirição em razão da prerrogativa de função do réu, ante o cancelamento da Súmula / STF 394. Desde que submetidos ao mesmo juízo, pode o magistrado utilizar-se da faculdade de não reunir processos conexos, por força do que dispõe o art. 80 do CPP". (STF. HC n° 80.717-8 / SP. Rel. Min. Sepúlveda Pertence. D.J. 05/03/2004)