Tais decisões se baseiam no permissivo constante do art. 80 do CPP, que outorga ao magistrado a faculdade de separar os processos conexos se, pelo excessivo número de acusados, ou outra causa relevante, o mesmo reputar como conveniente o desmembramento. Na verdade, é o excesso de réus o fundamento amplamente utilizado pela jurisprudência como fundamento da separação dos processos.
Todavia, data venia, esse não parece ser o melhor entendimento.