De fato, o art. 80 do CPP exerce uma limitação sobre o art. 78 do mesmo diploma legal. Existem determinadas oportunidades em que, por certo, o magistrado deverá, até para zelar pelos princípios da ampla defesa e da razoável duração do processo, operar a separação dos feitos de acordo com sua conveniência.
Contudo, trata-se de uma via de mão dupla. Afinal, ainda que o art. 78 do CPP seja interpretado como uma regra sujeita a exceções, da mesma forma a faculdade de separação dos processos não pode ser considerada como absoluta. Se a hermenêutica constitucional já há muito definiu que não existem direitos ou garantias absolutos na Lei Fundamental, por certo não estará um dispositivo infraconstitucional dotado de tal atributo.