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A dúvida ainda existe por que alguns municípios ainda não atualizaram a sua legislação de vigência do ISS e, por lei ou por decreto, permitem a exclusão dos materiais da base de cálculo do ISS. Sem entrarmos no mérito da inconstitucionalidade deste benefício dado por decreto, que cabe aos órgãos competentes, de acordo com a lei complementar 116/2003, apenas as mercadorias fornecidas pelo prestador de serviços, fora do local da prestação, que estão sujeitas ao ICMS, podem ser deduzidas da base de cálculo do ISS. Uma forma de visualizar esta situação na prática é quando houver a emissão de nota fiscal conjugada, na qual haja a segregação das mercadorias fornecidas dos serviços prestados. Assim, para fins de controle interno, otimização das operações e precauções contra autuações do fisco municipal, os tomadores de serviços que têm várias obras em andamento e operam em vários municípios, enquanto não houver a atualização da legislação do município, devem, no caso de retenção do ISS ao município de local da obra, fazer a retenção sobre o preço do serviço. Observamos também que o prestador, ao constatar que a parte do ISS poderia ter sido deduzida, pode requerer junto ao município a restituição do indébito, mediante autorização do tomador, conforme regras do CTN.

Destacamos que a exposição do tomador se torna maior em razão, na maioria das vezes, da capacidade contributiva e da responsabilidade tributária que, neste caso, se dá por substituição tributária. Assim, o fisco municipal pode exigir a diferença do ISS, deduzido indevidamente, tanto do prestados quanto do tomador.