O Sistema Estadual do Meio Ambiente- SISEMA é integrado ao Sistema Nacional do Meio Ambiente- SISNAMA, uma vez que os órgãos que o constituem nada mais são que representantes dos Órgãos Seccionais.
As Secretarias Estaduais de Meio Ambiente são as responsáveis pela coordenação do Sistema Estadual do Meio Ambiente (SISEMA). São elas quem planejam, executam, controlam e avaliam as ações setoriais a cargo do Estado, relativas à proteção e à defesa do meio ambiente, à gestão dos recursos hídricos e à articulação das políticas de gestão dos recursos ambientais para o desenvolvimento sustentável.