Sua estrutura, fundamentada em um sistema colegiado, consagrou a fórmula do gerenciamento participativo, inovando a forma de organização de conselhos governamentais e a própria elaboração de políticas públicas. Exercendo o papel de órgão colegiado do sistema ambiental estadual é responsável pela deliberação e normatização das políticas públicas formalizadas pelo Sistema Estadual de Meio Ambiente - SISEMA (SEMAD, FEAM, IGAM e IEF) na área ambiental.
Está organizado em sete Câmaras Especializadas, que têm competência para atuar na elaboração de normas, visando a proteção e a preservação ambiental, na sua respectiva área de atuação.