Dentro da FEAM, a antiga Diretoria de Planejamento, Gestão e Finanças (Dirplan) desdobrou-se em quatro gerências (Gerência de Planejamento e Modernização Institucional, Gerência de Recursos Humanos, Gerência de Logística e Manutenção e Gerência de Contabilidade e Finanças), que atuarão subordinadas tecnicamente à Subsecretaria de Inovação e Logística do Sistema Estadual de Meio Ambiente. A criação das gerências também ocorreu nas esferas do Instituto Estadual de Florestas (IEF) e do Instituto Mineiro de Gestão das Águas (IGAM).