Esta situação atípica se reflete no mundo jurídico e processual porque na hipótese de um empresário necessitar impetrar mandado de segurança contra a negativa do registro de uma alteração contratual, por exemplo, deverá fazê-lo perante a Justiça Federal, vez que embora a Junta tenha uma estrutura administrativa estadual, os serviços de registro de comércio têm natureza e subordinação federal.