No que tange à competência, a Lei dos Juizados Especiais Federais inovou em relação à Lei n. 9.099/95, pois nesta, o ajuizamento da ação nos juizados especiais estaduais é uma opção do autor, enquanto naquela, o autor não tem opção na escolha do juízo.
Assim, são de competência dos Juizados Especiais Federais as causas em que o valor da causa não ultrapasse 60 salários mínimos, e que a União, entidade autárquica ou empresa pública federal forem interessadas na condição de autoras, rés, assistentes ou oponentes, conforme determina o caput do art. 3º : "Art. 3o Compete ao Juizado Especial Federal Cível processar, conciliar e julgar causas de competência da Justiça Federal até o valor de sessenta salários mínimos, bem como executar as suas sentenças".