Os Juizados Especiais Federais são constituídos dos seguintes órgãos: Juizados Especiais Cíveis, Juizados Especiais Criminais, juizados Especiais Adjuntos, Turmas Recursais e Turmas de Uniformização (Regional e Nacional).
Os Juizados Especiais Cíveis e criminais no âmbito da Justiça Federal são disciplinados pela chamada Lei dos Juizados Especiais Federais, de n.º 10.259/01, que, em seu art. 1º determina a aplicação subsidiária, no que não conflitar com ela, da lei n. 9.099/95 que disciplina os Juizados Especiais Estaduais, e esta, por sua vez, aplica subsidiariamente o Código de Processo Civil .