Os instrumentos das PNRH, conforme Artigo 5º, da Lei 9.433/97, são:
· Planos de recursos hídricos (planos de bacia hidrográfica);
· Planos estaduais de recursos hídricos e o plano nacional de recursos hídricos;
· Enquadramento dos corpos de água em classes segundo os usos preponderantes;
· Outorga dos direitos de uso dos recursos hídricos;
· Cobrança pelo uso dos recursos hídricos e o sistema de informações sobre recursos hídricos.