As penalidades impostas aos infratores constituem-se em:
· advertência por escrito;
· multa;
· embargo provisório (prazo determinado);
· embargo definitivo (revogação da outorga).
Além das infrações instituídas pela Lei 9.433/97, a Lei de Crimes Ambientais também criminaliza algumas atividades causadoras de poluição hídrica, tais como as descritas nos Artigos 50, 53 e 54 § 2º.