A cobrança pelo uso do recurso é outro instrumento instituído pela política nacional de recursos hidricos.
Não se trata, ao contrário do que muitos pensam de cobrança de tarifa, imposto ou taxa. Na verdade, a cobrança pelo uso é definida como um preço público: espécie de retribuição que o usuário faz à sociedade por utilizar privativamente um bem que é de uso comum. Atualmente, em grande parte dos municípios brasileiros, são pagos os serviços de captação, tratamento e distribuição da água e não a utilização do bem ambiental, água. Exceção: Bacia do Rio Paranaíba, é uma das bacias hidrográficas aonde o uso do bem água é cobrado.