O procedimento para a realização do enquadramento deverá seguir quatro etapas, conforme estabelece o Artigo 4º da Resolução CNRH 12/2000::
1ª - diagnóstico do uso e da ocupação do solo e dos recursos hídricos na bacia hidrográfica;
2ª - prognóstico do uso e da ocupação do solo e dos recursos hídricos na bacia hidrográfica;
3ª - elaboração da proposta de enquadramento;
4ª - aprovação da proposta de enquadramento e respectivos atos jurídicos;