Então a dupla grafia e a dupla acentuação servem para manter as pronúncias regionais?
Exatamente. Definiu-se que o escopo do acordo é apenas ortográfico, ou seja, as regras estabelecidas definem ou alteram a forma como as palavras são representadas no papel, mas não devem interferir na sintaxe própria utilizada em cada região e nem no significado e pronúncia das palavras.
Como a grafia é um dos critérios para definição da pronúncia da língua portuguesa (e vice-versa), escolher uma das grafias e eliminar ao outra afetaria a pronúncia dessas palavras em determinados países, o que não é o objetivo do acordo.
Assim, a solução mais simples e menos onerosa encontrada foi admitir a dupla grafia / dupla acentuação nesses casos específicos, de forma que os falantes da língua portuguesa possam grafar essas palavras de acordo com a forma em que atualmente são pronunciadas em seus países.