Sua principal finalidade é garantir a implementação da Política Nacional dos Recursos Hídricos- PNRH, bem como integrar o Sistema Nacional de Gerenciamento dos Recursos Hídricos- SNGRH.
Em suma: trata-se de uma agência reguladora, com a finalidade principal de controlar, supervisionar e avaliar as atividades decorrentes do cumprimento da Lei nº 9.433/97 e disciplinar, em caráter normativo, a implementação e operacionalização da PNRH.