Quanto ao pagamento das custas processuais, a sistemática legal foi alterada. A CLT estabelecia que o empregador deveria comprovar o pagamento das custas, no valor de seis vezes o salário do empregado, antes da decisão final do inquérito, sob pena de extinção do processo.
Entretanto, com o advento da lei 10537/2002, foi estabelecido um novo tratamento às custas processuais, modificando-se a redação dos artigos 789 e 790 da CLT, sendo suprimidas as expressas referências ao inquérito judicial para apuração de falta grave.