A autonomia funcional revela-se na capacidade de decidir sobre a situação funcional e administrativa de seu pessoal, elaborar folhas de pagamento, editar atos de aposentadoria sem a vinculação burocrática a outros órgãos do Estado.
Não podemos deixar de mencionar, aqui, a autonomia financeira do Ministério Público, que se revela em sua capacidade de elaboração de proposta orçamentária e de gestão e aplicação dos recursos destinados a prover suas atividades e serviços. Ele recebe dotações orçamentárias que são livremente administrativas, embora obviamente se submeta ao controle externo de suas contas pelo Tribunal de Contas.