A outra modalidade de licença é a Licença de Operação (LO), que segundo o Art. 8º, III, autoriza efetivamente a operação da atividade ou empreendimento, após o cumprimento do que consta das licenças anteriores, com as medidas de controle ambiental e condicionantes determinadas para a operação.
O prazo de validade da LO deverá considerar os planos de controle ambiental e será no mínimo, de quatro anos, não ultrapassando a marca de dez anos.