Importa observar que o Tribunal de Contas tem autonomia funcional, regendo-se por regimento interno, e autonomia administrativa. Hely Lopes Meirelles, na obra Direito Administrativo Brasileiro, chama a nossa atenção para o fato de que o Tribunal de Contas deve ser classificado como órgão administrativo independente, de cooperação com o Poder Legislativo: não exerce função judicante, mas técnica.