Note-se, ainda, que o Tribunal de Contas tem autonomia funcional, regendo-se por regimento interno, e autonomia administrativa. Hely Lopes Meirelles, na obra Direito Administrativo Brasileiro, chama a nossa atenção para o fato de que o Tribunal de Contas deve ser classificado como órgão administrativo independente, de cooperação com o Poder Legislativo: não exerce função judicante, mas técnica.
Esta autonomia está bastante nítida no inciso IV do art. 71, segundo o qual o Tribunal de Contas da União pode realizar, por iniciativa própria, inspeções e auditorias de natureza contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial nas unidades administrativas dos Três Poderes, além de fundações e sociedades instituídas e mantidas pelo Poder Público federal.