A Constituição da República dotou o Tribunal de Contas de autonomia administrativa para o pleno exercício de seu controle. Embora se enquadrando no Poder Legislativo, é órgão autônomo, que pratica atos administrativos como órgão auxiliar do Congresso Nacional.
Esta autonomia está bastante nítida no inciso IV do art. 71, segundo o qual o Tribunal de Contas da União pode realizar, por iniciativa própria, inspeções e auditorias de natureza contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial nas unidades administrativas dos Três Poderes, além de fundações e sociedades instituídas e mantidas pelo Poder Público federal.