Outra inovação da EC nº45/04 foi a criação do Conselho Nacional de Justiça, de âmbito Federal.
Importante destacar também que a EC nº45/04 concedeu a possibilidade de criação da Justiça Militar Estadual, mediante lei estadual, por iniciativa do TJ. A estrutura funcionaria da seguinte forma: em primeiro grau a justiça militar seria formada por juízes de direito e pelo Conselho de Justiça, e em segundo grau, pelo próprio Tribunal de Justiça ou pelo Tribunal de Justiça Militar.