O cerne da autonomia partidária reside principalmente, porém, no fato de que aos próprios partidos políticos é assegurada a definição de sua estrutura interna, organização e funcionamento. Eles têm liberdade para fixar seus objetivos políticos e para elaborar seus estatutos, os quais regulamentam a estrutura interna, organização e funcionamento. Contudo, o estatuto deve dispor sobre a disciplina e a fidelidade partidárias, ou seja, da indisciplina, desobediência às diretrizes partidárias e ao estatuto, a violação de deveres, o desacato às decisões tomadas pela maioria dos filiados, etc. Advertimos, porém, que não há perda de mandato parlamentar devido à infidelidade ou indisciplina partidárias, porque não consta do art. 55 da Constituição Federal.