O comum é que o preposto, representante da empresa, figure como parte ré no processo, ou seja, como representante da reclamada.
Assim, por expressa determinação legal, a parte ré deverá sentar-se a direita do juiz e a parte autora à esquerda.
Isso não quer dizer que o preposto sempre irá se sentar a direita do juiz, pois, haverá hipóteses em que a empresa será a autora da ação, como por exemplo, em uma ação de Consignação em pagamento.
Neste caso, o preposto irá sentar-se a esquerda do juiz.
Mas, o comum é que o preposto figure na demanda como réu e, neste caso, sente-se ao lado direito do juiz.