Como se pode notar, somente as autarquias e fundações públicas federais, estaduais ou municipais que não explorem atividade econômica é que estão isentas do recolhimento das custas.
No tocante às entidades fiscalizadoras do exercício profissional, seguindo entendimento fixado pelo Supremo Tribunal Federal, tem-se entendido que os Conselhos Regionais são autarquias especiais, o que lhes assegura as prerrogativas previstas no Decreto-Lei nº 779/1969, ou seja, não há falar em recolhimento de custas processuais e de depósito recursal.
Veja esta recente decisão do Col. TST:
RECURSO DE REVISTA INTERPOSTO NA VIGÊNCIA DA LEI Nº 13.015/2014. PRELIMINAR DE NULIDADE POR NEGATIVA DE PRESTAÇÃO JURISDICIONAL. Deixa-se de analisar a preliminar de negativa de prestação jurisdicional com fundamento no art. 249, § 2º, do CPC/1973 (vigente à época da interposição do recurso). Recurso de revista não conhecido. DESERÇÃO DO RECURSO ORDINÁRIO. CONSELHO DE FISCALIZAÇÃO DO EXERCÍCIO PROFISSIONAL. NATUREZA JURÍDICA. APLICABILIDADE DOS PRIVILÉGIOS DO DECRETO-LEI 779/1969. INEXIGIBILIDADE DE RECOLHIMENTO DE CUSTAS PROCESSUAIS E DEPÓSITO RECURSAL PARA INTERPOSIÇÃO DE RECURSO. Acerca da extensão dos privilégios do Decreto-Lei nº 779/1969 aos conselhos de fiscalização profissional, a jurisprudência desta Corte superior, seguindo entendimento fixado pelo Supremo Tribunal Federal, tem-se firmado no sentido de que os Conselhos Regionais são autarquias especiais, o que lhes assegura as prerrogativas previstas no dispositivo legal referenciado. Assim, vem reconhecendo aos Conselhos Regionais as prerrogativas de dispensa do depósito recursal e de pagamento ao final de custas processuais, ou seja, não há falar em recolhimento de custas processuais e de depósito recursal como procedimento prévio para interposição de qualquer recurso. Precedentes da SBDI-1/TST. Recurso de revista conhecido e provido. (RR - 280-32.2013.5.04.0663 , Relatora Ministra: Maria Helena Mallmann, Data de Julgamento: 15/08/2018, 2ª Turma, Data de Publicação: DEJT 17/08/2018)