Por independência funcional deve se entender como a garantia de atuação sem qualquer interferência externa, ou seja, o membro do Ministério Público atua segundo seu convencimento e interpretação jurídica, não podendo sofrer qualquer interferência de juízes, do Poder Executivo ou, até mesmo, dos próprios órgãos do Ministério Público.
Também se pode verificar a independência do Ministério Público na garantia de sua competência de propor ao Poder Executivo a criação e extinção de seus cargos e na elaboração de sua proposta orçamentária.