Como você notou, na formação de palavras com prefixos, em algumas vezes o hífen é usado, e em outras não.
Lembramos que as regras de uso do hífen foram profundamente modificadas pelo Novo Acordo Ortográfico, que entrou em vigor no início de 2009. Assim, recomendamos também a leitura dos seguintes cursos, que explicam as novas regras:
Uso do Hífen 1 - Verbos, Palavras Compostas e Sequências de PalavrasUso do Hífen 2 - Prefixos e SufixosUso do Hifen 3 - Casos em que não se usa o hífenE também um curso que mostra como eram as regras antes da reforma:
Regras Antigas para o Emprego do Hífen