No quesito anotações deve-se ter o cuidado de estabelecer uma estrutura capaz de mostrar lógica no texto - sua introdução, desenvolvimento e conclusão. Se for resumo, você deve se manter fiel ás idéias do autor e se for uma síntese, preservar os conceitos fundamentais.
Seria interessante também, passar os dados coletados para um computador, se o mesmo estiver ao seu alcance, pois assim, você organiza e manuseia os dados com muito mais facilidade. Uma pasta deve ser criada somente para os arquivos relacionados à sua monografia.