Na verdade, o texto é muito claro, e entendemos que realmente o legislador quis dizer que os axiônimos devem ser grafados com inicial minúscula, enquanto os hagiônimos podem usar inicial minúscula ou maiúscula opcionalmente.
O que acontece é que, mais à frente, o texto do Acordo Ortográfico abre exceções, dizendo que a inicial maiúscula pode ser usada, opcionalmente, em palavras usadas reverencialmente, aulicamente (de modo cortês) ou hierarquicamente, o que justificaria o uso de axiônimos com inicial maiúscula.