Uma leitura mais restritiva do texto do acordo leva à interpretação de que a expressão "opcionalmente, neste caso" seja uma menção exclusivamente aos hagiônimos (palavras de fundo religioso - são, santo). Releia:
"A letra minúscula inicial é usada nos axiônimos e hagiônimos (opcionalmente, neste caso, também com maiúscula) senhor doutor Joaquim da Silva, bacharel Mário Abrantes, o cardeal Bembo, santa Filomena (ou Santa Filomena)."
Veja que os exemplos dados confirmam essa interpretação, já que apenas a palavra santa foi grafada tanto em minúsculas quanto em maiúsculas.
Conclui-se que é obrigatório o uso da inicial minúscula nos axiônimos (senhor, doutor etc.) e opcional o uso da inicial maiúscula nos hagiônimos (são, santa etc.).
Mas essa interpretação restritiva não agradou a todos, e há muitos que defendem uma interpretação mais abrangente, na qual a expressão opcionalmente, neste caso está se referindo ao conjunto de axiônimos e hagiônimos.