A partir daí, o acordo passou por alguns protocolos modificativos.
O primeiro, de 1998, acabou com o prazo para ratificação. Entretanto, manteve a necessidade de aprovação por todos os países de língua portuguesa para que entrasse em vigor.
Em 2004, um novo protocolo modificativo foi assinado. Dessa vez, foi estabelecido que bastaria a ratificação de três dos Estados signatários para sua entrada em vigor. Além disso, foi permitida a adesão de Timor-Leste, que só conseguiu sua independência total em 2002. Brasil, Cabo Verde e São Tomé e Príncipe o ratificaram, o que possibilitou que a reforma fosse oficializada em 1º de Janeiro de 2007.