Outra crítica comum em relação ao Novo Acordo Ortográfico diz respeito às novas regras que regem o uso do hífen.
Segundo os críticos, muitos de seus usos ainda são obscuros. É que o acordo ortográfico não fala explicitamente de todos os prefixos. Um dos problemas é o prefixo 're', de reescrever e reeditar. Palavras como girassol e passatempo não tinham hífen, enquanto porta-retrato, guarda-louça e tira-teima possuíam o hífen. O problema é que, apenas baseando-se no texto atual, não é possível concluir se essas palavras terão hífen ou não. O acordo se limita a dizer que o hífen desaparece quando se perde a noção da composição de outras duas palavras, mas isso é muito subjetivo.