Há vantagens e desvantagens em ambas as modalidades de arbitragem; assim, depende das partes escolherem a opção que melhor irá satisfazer seus interesses.
Dessa forma, pode-se dizer que a arbitragem institucional implica em maiores gastos, haja vistas as taxas a serem pagas à instituição; mas por outro lado, na arbitragem ad hoc, as partes é que terão de ser responsáveis por toda a organização do procedimento, além de definir a guarda dos documentos e o local de realização das reuniões ou audiências.