Como acima dissemos, O Ministério Público é instituição autônoma, apenas vinculada ao Poder Executivo, mas não se subordinando a ele. O parágrafo 2º do art. 127 proclama esta autonomia, que revela em diversos ângulos.
Assim, o Ministério Público tem autonomia administrativa, porque pode exercer atos administrativos de gestão, adquirir bens editar atos de aposentadoria e de exoneração, abrir procedimento licitatório, etc.
Desta forma, por autonomia administrativa há de entender a capacidade de administrar seus próprios interesses, gerir situações administrativas internas.