Segundo a Fundação Prefeito Faria Lima, o princípio da independência funcional significa que o membro do Ministério Público não está hierarquicamente subordinado no plano funcional, podendo atuar de acordo com a lei. e conforme sua convicção técnica de foro íntimo.
Dados os direitos envolvidos nos processos em que atua o Ministério Público, sem independência funcional o membro da Instituição poderia ser pressionado para agir desta ou daquela maneira, com graves riscos dos interesses da sociedade e do cidadão.
Os acidentes do trabalho, os menores, os incapazes e toda a gama de pessoas hipossuficientes que o Ministério Público defende não teriam segurança sem a adoção desse princípio.