As Juntas Comerciais, embora façam parte da estrutura administrativa dos Estados, executam e administraram os registros que são regidos por normas e diretrizes de âmbito federal. Portanto, as Juntas Comerciais mantêm subordinação hierárquica híbrida. De um lado se submetem administrativamente ao governo da unidade federativa de sua jurisdição, de outro, no aspecto técnico e legal, se subordinam ao Departamento Nacional de Registro de Comércio, que é órgão federal.