Cabe registrar que houveram alterações nas estruturas da SEMAD através da Lei Delegada 125/07. Algumas estruturas da FEAM, do IEF e do IGAM também foram alteradas pelas Lei Delegadas 156/07, 158/07 e 157/07, respectivamente. Na esfera da SEMAD, foram criadas duas subsecretarias com atuação no âmbito do Sistema Estadual de Meio Ambiente (SISEMA). São elas: a Subsecretaria de Gestão Ambiental, que terá atuação na área de licenciamento e contará com três superintendências na Capital e até 12 no interior, e a Subsecretaria de Inovação e Logística, com quatro superintendências.