O SISEMA é integrado ao SISNAMA, uma vez que os órgãos que o constituem nada mais são que representantes dos ditos Órgãos Seccionais. As Secretarias Estaduais de Meio Ambiente são as responsáveis pela coordenação do Sistema Estadual do Meio Ambiente (SISEMA). São elas quem planeja, executa, controla e avalia as ações setoriais a cargo do Estado relativas à proteção e à defesa do meio ambiente, à gestão dos recursos hídricos e à articulação das políticas de gestão dos recursos ambientais para o desenvolvimento sustentável.
A título de ilustração, vamos examinar a estrutura da Secretaria de Estado de Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável (SEMAD), uma vez que cada Estado possui seus próprios órgãos , mas via de regra, as atribuições são bem parecidas.