Compreendem os órgãos da Administração Federal direta e indireta, além das fundações instituídas pelo Poder Publico, cujas atividades estejam ligadas à proteção da qualidade ambiental e o uso dos recursos ambientais.
São órgãos natos e estáveis, ainda que a estrutura político-administrativa federal seja completamente alterada.
Dentre esses órgãos pode-se destacar o Ministério da Agricultura, o Ministério da Fazenda, o Ministério da Marinha, o Ministério da Saúde, o Ministério das Minas e Energias, dentre outros.